La disinfezione è una importantissima fase del processo di sterilizzazione, che ha il fine di abbattere la carica batterica presente sui materiali da trattare, rendendoli più sicuri e manipolabili. La disinfezione può avvenire chimicamente o con sistemi di termodisinfezione automatizzata. La termodisinfezione è un sistema neutro in grado di abbattere oltre il 99% la carica batterica.